През 2009 г. в условията на световна икономическа криза Летище София успя да запази стабилна позиция на Европейския авиационен пазар. Броят на обслужените пътници надвишава три милиона (3 134 104), като спадът в сравнение с предходната рекордна година е само 3%.

Самолетодвиженията са 45698, което е с 2 928 по-малко от миналата година (-6%).

Обработените товари през 2009 г. са 15 120 т спрямо 18 647 т за 2008 г. (-19%). 73 на сто от полетите, извършени от и до Летище София през 2009 г. са били по международни редовни линии.

Вътрешните линии, които съставляват над 5% от пътническия трафик на летището, бележат ръст от 23% по брой обслужени пътници.

През 2009 г. туроператорите са предпочели българските авиокомпании, което е довело до увеличение на техните чартърни полети с 44% на годишна съпоставима база. От София е имало директни въздушни връзки до 65 дестинации, като по 20 от тях са изпълнявани ежедневни полети.

Общо 28 български и чуждестранни авиокомпании са извършвали международни и вътрешни полети по разписание. Летни и зимни туристически чартърни програми са осъществили 10 авиокомпании, а товарни полети са изпълнявани от 6 специализирани авиопревозвачи.

Водещите пет авиокомпании по пазарен дял на превозени пътници от и до Летище София по редовни линии за 2009 г. са: България Ер - 26%, Wizz Air - 16%, Lufthansa - 11%, easyJet - 8% и Austrian Аirlines - 6%.

През 2009 г. от Летище София са открити 4 нови директни маршрута: до Тревизо, Шарлероа и Айндховен на Wizz Air, а непосредствено преди Коледа полети от Берлин/Шьонефелд започна да изпълнява авиокомпания Hamburg International.